正常にエア抜きが完了しているのであれば
エア抜き後は冷却水に気泡は発生しません
もう一度ファンネルを付けてファンの作動と気泡を確認して下さい
少しでも抜けがある場合、細かい気泡は止まらずずっと発生します
もしくはファンの作動後に空吹かしをして冷却水が吹き返すようであればガスケット抜けがあります
余程のヘッド抜けでは無い限りエンジンが不調にはならないのが普通です
ラジエターキャップは
温度上昇で膨張している冷却水を加圧、設定圧力以上でリザーブタンクに逃がす
冷却水の温度が下がれば負圧になる為、リザーブタンクより回収します
リザーブタンクにオーバーフローしていて、冷却水が回収されてない場合、加圧も負圧も発生してない＝大気圧の状態が考えられます
加圧されてなければ負圧も発生しません
ラジエターキャップは108kpaの物を使用してますか？